Zasadą jest, że w przypadku wystawienia faktury zaliczkowej, dokumentującej całą zapłatę za dostawę, przedsiębiorca nie wystawia już faktury końcowej. W przypadku gdy wystawił kilka faktur zaliczkowych, za tzw. fakturę końcową uznaje się wówczas ostatnią z tych faktur, dokumentującą ostatnią część zapłaty za dostawę towaru lub wykonanie usługi. W wydanej 29 maja 2019 r. interpretacji podatkowej, Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej poinformował jednak, że:
„obowiązujące przepisy prawa podatkowego nie zabraniają wystawiania faktur końcowych, które będą dodatkowym dowodem potwierdzającym dokonanie sprzedaży i z których wynikać będzie, że należność w całości została uregulowana” (sygn. 0111-KDIB3-1.4012.186.2019.2.KO).
Z wnioskiem o wydanie interpretacji wystąpił przedsiębiorca, który wystawił fakturę zaliczkową na całą wartość dokonywanej przez siebie dostawy towaru. Niemniej jednak, samo wystawienie nabywcy faktury, jak i zapłata przez niego zafakturowanej w ten sposób należności, nie jest jednoznaczne z wydaniem mu towaru. Towaru bowiem na magazynie nie ma, a zostanie wydany nabywcy dopiero w chwili pozyskania go przez sprzedającego od dostawcy. Przedsiębiorca powziął wątpliwość, czy po jego wydaniu, dla rozliczenia magazynu może wystawić rozliczeniową fakturę „zerową”.
Dyrektor Krajowej Informacji Skarbowej przyznał, że choć w świetle obowiązujących przepisów generalnie w takich sytuacjach podatnik nie wystawia faktury końcowej, niemniej przepisy te również tego nie zakazują.
„obowiązujące przepisy prawa podatkowego nie zabraniają wystawiania faktur końcowych, które będą dodatkowym dowodem potwierdzającym dokonanie sprzedaży i z których wynikać będzie, że należność w całości została uregulowana. Jeżeli zatem w przypadku, gdy Wnioskodawca wystawi fakturę końcową w momencie wydania towaru, gdy uprzednio do tej samej transakcji wystawił fakturę zaliczkową (100%), w takiej fakturze końcowej powinien zostać „wyzerowany podatek”. Ponadto faktura ta powinna zawierać numer faktury (faktur) wystawionej przed dokonaniem dostawy” (sygn. 0111-KDIB3-1.4012.186.2019.2.KO).
